原計劃在2006年內全線開工建設京滬高速鐵路并沒有如愿以償開工。據稱最主要原因是鐵路總造價的估算，已經從去年初的人民幣一千三百億元竄升至兩千億元，有可能最終將交由中國全國人大會議決定是否建造。
據《中國經濟網》報道，鐵道部長劉志軍在電視電話會議中部署了2007年各項主要工作中卻沒有提到京滬高鐵，在總結2006年的主要工作時也沒有提及去年國務院批準立項一事。 按照中國國家大型項目建設程序，京滬高速鐵路要開工建設，必須經過國務院的正式批準。但直到去年底，中國國務院還未批準。
國務院已于2006年3月批準了京滬高速鐵路建設建議書，獲得立項，開始進入可行性研究階段。由于在此之前，已經經歷了長達十幾年的研究和準備，初步設計也都有了，一些大橋已經開始動工了，所以這個過程很容易，鐵道部方面曾信誓旦旦“爭取在2006年全線開工建設”。
據報道，可行性研究報告已經遞交到了國務院，但國務院并沒有在年內批準，京滬高速鐵路沒有獲得預期進度。有關方面不肯解釋其中原因，但知情人士透露，關于京滬高速鐵路總造價的測算最近發生了變動，已經從去年初的一千三百億元上升到兩千億元。工程造價一年內暴漲五成。
報道指出，兩千億元的投資已經達到中國國內至今規模最大的長江三峽樞紐的規模。建設三峽，是經過全國人民代表大會投票表決通過的，京滬高鐵有可能也要這樣。
鐵道部總工程師何華武說，京滬高鐵每公里投資只需要一億元，僅是韓國的三分之一。但據了解，2004年韓國建成通車的高速鐵路全長四百一十二公里，總投資一百六十億美元，折合人民幣每公里約三億多元。德國、法國、意大利、西班牙，甚至臺灣的高速鐵路造價折合人民幣每公里普遍都在三至五億元。中國十一條時速兩百公里的客運專線在2006年時造價就已經在平均每公里一億元以上。
報道強調，京滬高鐵設計時速三百公里以上，造價是否真的能遠遠低于國際水平？本來業內對此就存有疑慮。如今，不出一年，關于造價的說法果然變了。國務院決策的依據變了，自然要考慮財力能否承受的問題；甚至還牽涉到了是否提交全國人大定奪。
規劃中的京滬高速鐵路正線全長約一千三百一十八公里，設計時速三百五十公里，初期運營時速三百公里。屆時從北京到上海只需要五小時，比目前京滬間特快列車縮短了九小時左右，高峰期有望實現三分鐘一列。全線共設置北京、天津、濟南、蚌埠、南京、無錫、蘇州、上海等二十一個車站。
從提出修建方案到正式立項，京滬高鐵用了十三年時間。期間，到底是采用磁懸浮還是輪軌，曾有過激烈的爭論。雖然磁懸浮速度更快，但由于造價過高，世界未有長途磁懸浮運營先例，相關的控制軟件技術也未成熟，最終決定采用較為成熟的輪軌技術，其成本約為磁懸浮一半。
