農村水利基礎設施建設是農村生態文明建設的重要內容，在經濟社會發展中具有舉足輕重的作用。黨的十八大報告指出，“要堅持把國家基礎設施建設和社會事業發展重點放在農村，深入推進新農村建設和扶貧開發，全面改善農村生產生活條件”,農村基礎設施建設被列為國家發展的重大課題。改革開放以來，隨著經濟建設中心任務向城市轉移和農村土地政策轉變，農村水利基礎設施建設滯后，影響了農村生產、農民生活。主要有三個問題：
一是河道淤積妨礙通航。三十多年來，化肥大量使用，農村河道淤泥多年得不到清理，一些河道淤泥達到了一米厚度，不斷涌出沼氣之類的水泡，污濁不堪。加上水體的富營養化，不少農村地區河道中“水花生”之類的雜草占據了一半水面，阻滯了河水流動，降低了水體自凈能力，也妨礙了水上通航。
二是水體污染十分嚴重。由于多數農村地區沒有垃圾集中處理系統，生產生活的垃圾基本是扔進河道。化肥和農藥的大量使用，對土壤和地表水、地下水的污染十分嚴重，而農村的種植業和養殖業用水又多來自地表水，不少農村地區癌病多發，與水質惡化關系極大，農村水體已到了非治理不可的地步。
三是灌溉設施基本荒廢。計劃經濟年代，農村地區興建了大量的灌溉總站和水渠，形成了比較完整的灌溉系統，在農業生產中發揮了重要作用。農村土地政策轉變以后，灌溉總站系統基本報廢，灌溉水渠大多荒廢，農業灌溉主要利用土渠分散灌溉，跑冒滴漏現象嚴重，水資源的利用率低。不少地區的水資源利用率甚至只有10%左右，造成了水資源和能源的雙重浪費。
大力推進農村水利基礎設施建設是實現“中國夢”、建設美麗中國的重要抓手。通過政府投資興建水利設施的方式，可以減少直接形式的農產品價格補貼，將價格補貼資金轉變為投資資金，降低農業生產成本，提高補貼資金使用率。同時，加大農業基礎設施投資力度，能有效改善投資結構，既可吸收建材行業過剩產能，又可創造良好的農業投資環境，吸引長期資本進入農業領域，促進農業健康發展。
由于農村水利基礎設施建設系統性、政策性強，牽涉多方利益，復雜程度高，需要科學統籌規劃。為此，建議：
一是在組織管理上，在中央層面設立專門管理機構，委托社會機構對農村水利狀況進行摸底和評估，分析預測需要投入的資金和投入產出效益，拿出可行性報告，制訂針對性實施方案。
二是在推進機制上，先選擇部分地區進行試點，形成示范樣板后再推廣。
三是在資金安排上，實行共同承擔建設支出的原則。中央財政發行長期國債如30年期或50年期國債，加上2011年《中共中央國務院關于加快水利改革發展的決定》提出的“從土地出讓收益中提取10%用于農田水利建設”資金，實行全國統籌。地方以省級政府和地級市政府財政發行地方專項債券，縣級政府從本地財政中安排一定比例資金，用于本地項目建設；中央資金依據項目完工驗收結果，按比例向地方實行轉移支付。
四是在支出管理上，以省級政府為單位，對材料采購和工程建設進行招標，縣級政府為工程組織實施的責任主體和支出主體，并實行跨地區社會審計，對審計單位進行有效的獎懲調控，并依據相關法規對虛報和浪費情況進行追討和懲戒，從嚴陽光控制工程支出。
