根據南京市地鐵指揮部的五年規劃，“十一五”期間，南京將建成地鐵二號線一期工程、地鐵一號線南延工程和地鐵二號線東延工程，建成軌道交通線路總長51.925公里，同時在建地鐵二號線西延工程。
據介紹，二號線一期工程起于繞城公路油坊橋以南汪家村附近的汪家村站，沿途經由經四路、水西門大街、莫愁湖公園、漢中門廣場、新街口、明故宮、中山門、孝陵衛最后至馬群。全長超過25公里，預計工程投資總額為105.4億元，這一工程目前已經開工建設，預計于2009年開通試運營。
一號線南延線起于一號線安德門站，途經寧丹路、南京南站、竹山路，最后至江寧大學城，全長約18公里，工程總投資69.3億元，預計今年底開工，2010年開通試運行。二號線東延線將從馬群車輛段開始，經仙鶴門至仙林大學城，全長超過9公里，工程總投資22.26億元，預計明年底開工，2010年開通試運營。
“十一五”期間南京還將開工建設地鐵二號線西延線，即從集慶門大街站開始至浦口城西路站，全長14.82公里，預計工程投資總額57億元，預計工程將于2008年開工，2012年開通試運營。
據悉，隨著地鐵線路的相繼開通，五年內南京市將力爭地鐵建設開發儲備用地超過一萬畝，開工建設地鐵房地產開發項目60萬平方米，屆時地鐵資源經營收益將超過5億元，地鐵運營將實現收支平衡，達到零虧損。
