由環保總局擬定的《排污許可證管理條例(征求意見稿)》(下稱《條例》)，目前正在廣泛征求意見。這個條例的即將出臺，也意味著全國將改變沒有國家層面排污許可管理制度的現狀。
《條例》提出，未取得排污許可證排放污染物的，由縣級以上環境保護行政主管部門責令停止排污，并處10萬元以上100萬元以下罰款。
但這一《條例》并沒有人們所關注的污染賠償的有關內容。
此前，《水污染防治法》規定，對造成水污染事故企業事業單位,按照直接損失20%計算罰款,但是最高不得超過20萬元；對造成重大經濟損失,按照直接損失30%計算罰款,但是最高不得超過100萬元。
《大氣污染防治法》規定最高處罰限額為20萬元。
上世紀80年代中期以來，全國很多地方開展了排污許可證工作試點。到目前為止，淮河、巢湖流域已實施了水污染物排放許可證。江蘇、上海、廣東、廣西、重慶、四川、云南向70%以上的企事業單位發放了排污許可證。
另有一些省、自治區、直轄市在本行政區內的部分市、縣的重點企業試行了排污許可證制度。云南、遼寧、上海、江蘇、福建等省市在試點的基礎上，將其納入地方環境保護條例中。深圳、杭州制定了地方排污許可證管理辦法。
《條例》提出，國家鼓勵排污者采取可行的經濟、技術或管理等手段，實施清潔生產，持續削減其污染物排放強度、濃度和總量。削減的污染物排放總量指標可以儲存，供其自身發展使用，也可以根據區域環境容量和主要污染物總量控制目標，在保障環境質量達到功能區要求的前提下按法定程序實施有償轉讓。
值得一提的是，《條例》明確了“信賴保護”的原則，提出“在排污許可證有效期限內，排污者有權按照許可證的規定依法排污。未有法定情形并經法定程序任何單位和個人不得剝奪或限制該權利。”排污許可證作為守法、執法的憑據，既約束排污單位，也約束環保部門。
